Mivel zárt rendszerről van szó, a megfelelő karbantartás, rendszeres tisztítás hiányában a baktériumok, vírusok és gombák könnyen elszaporodhatnak bennük, amelyeket aztán belélegzünk. Részben ezek a kórokozók, részben a nagy külső-belső hőmérséklet-különbség elhúzódó náthát, köhögést, állandó tüsszögést okozhat, de esetenként súlyos légúti megbetegedések is felléphetnek, mint például a tüdőgyulladás.
A légkondicionálók használata ugyanakkor a reumás betegségek hátterében is állhatnak, ráadásul az ún. klímareuma egyre több fiatalnál jelentkezik. Ha a légkondicionálóból kiáramló hideg levegő közvetlenül éri a vállat, nyakat, az érzékenyeknél igen rövid időn belül (akár már 6-8 óra elteltével is!) felléphet ízületi fájdalom, merevség, gyulladás, azaz a klímareuma.
A klímareuma kialakulását a klíma megfelelő beépítésével, karbantartásával, használatával kerülhetjük el (pl. külső 35 fokos hőmérsékletnél bent se legyen hűvösebb 25-28 foknál). Ha a betegség már kialakult, a balneo- és fizioterápiás módszerekhez fordulhatunk, amelyek különösen a kezdeti szakaszban alkalmazhatók sikeresen. A kezelésekkel akár hónapokra is tünetmentessé tehető a reuma.
A légúti megbetegedésekre a szaunázás jelenthet gyógyírt, legyen az infra-, aromaszauna vagy gőzkamra, de a sókamrák, illetve a széndioxid-terápiás kezelések is hatékonyak azok leküzdésében.